Institut dopravy je rozdělen dle vědecko-výzkumné a pedagogické činnosti na dva ústavy: Ústav pozemní dopravy a Ústav letecké dopravy. Institut dopravy zajišťuje pedagogickou činnost ve studijních oborech Dopravní systémy a technika, Inteligentní doprava a logistika a Provoz a řízení letecké dopravy v bakalářských studijních programech a pedagogickou činnost pro obory Dopravní systémy a technika a Inteligentní doprava a logistika v navazujícím magisterském studijním programu. Doktorský studijní program pedagogicky zajišťuje v programech Dopravní a manipulační technika a Dopravní systémy.
Oblast vědy a výzkumu na Institutu dopravy je orientována na oblasti zdvihacích, dopravních a skladovacích systémů sypkých hmot, technologií dopravy a skladování sypkých hmot, na oblast řešení problémů dynamiky jízdy dopravních prostředků a dopravních systémů a na oblast řešení logistických problémů. Oblast sypkých hmot je zastoupena VV činností v oblasti modelování procesů a pochodů sypkých hmot na unikátních přístrojích. Zvláštní kapitolu tvoří aktivity zaměřené na vývoj a aplikaci matematických a simulačních modelů a metod a softwarovou podporu řešení různých rozhodovacích problémů napříč všemi druhy dopravy. Další oblast VV na Institutu dopravy je orientována na řešení otázek souvisejících s bezpečností letecké dopravy a vlivu lidského činitele na provozní podmínky.